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バイオインフォマティクスから見た蛋白質
さらにマイクロアレイなどの網羅的な解析技術の発展に伴って、遺伝子発現のプロファイリング、クラスタリング、アノテーション(注釈)、大量のデータを視覚的に表現する手法などが重要になってきている。こういった個別の遺伝子、タンパク質の解析等から更に一歩進み、生命を遺伝子やタンパク質のネットワークとして捉え、その総体をシステムとして理解しようとするシステム生物学という分野もある。(バイオインフォマティクス フレッシュアイペディアより)
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ダイズから見たタンパク質
ダイズ種子には苦み成分であるサポニン(ダイズサポニン)が多く含まれており、人類の主食にまではなっていないが、植物の中では唯一肉に匹敵するだけのタンパク質を含有する特徴から、近年の世界的な健康志向の中で「ミラクルフード」として脚光を浴びている。日本・ドイツでは「畑の(牛)肉」、アメリカ合衆国では「大地の黄金」とも呼ばれている。また、日本料理やその調味料の原材料として中心的役割を果たしている(後述)。菜食主義や殺生を禁じた宗教においては植物性のタンパク源として利用され、精進料理においても重用された事で多くの加工食品が生み出された。加工食品の技術が上がるにつれて、肉を模した代替食品としても注目されている。(ダイズ フレッシュアイペディアより)
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栄養素から見たたんぱく質
動物が食餌を捕食することはごくありふれた行動であるが、ルイ・パスツールがアルコール発酵で証明したようにしたように、ウイルス等少数の例を別にするならば、生物が成長・繁殖細する為の物質は体外から取り込む必要があるし、生命活動を維持する為のエネルギーも生態系からの取り込みに依存している。この様な生物の外界に依存する仕組みが栄養の本質である。しかし、酸素の有無以外にも熱水噴出孔のような極限環境を含めて生物はあらゆる環境下にも生息しており、栄養素として取り込んだ物質を代謝して細胞や組織を構築する方法やエネルギー産生の方法もいろいろな方式が存在する。言い換えると生物が環境に適応する方法の一つとして取り込む物質を変化させるので、栄養素とされる物質も千差万別であり有機化合物であったり無機化合物であったりもする。分類的には有機化合物である栄養素は有機栄養素とよばれ、無機化合物である栄養素は無機栄養素ないしは栄養塩類とも呼ばれる。有機栄養素(ゆうきえいようそ、Organic nutrient)と呼ばれるものには、炭水化物、脂肪、たんぱく質(もしくは構成要素のアミノ酸)、ビタミンなどがある。また、ミネラルのような一部の無機化合物も栄養素である。(栄養素 フレッシュアイペディアより)
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上皮間葉転換から見た蛋白
Eカドヘリンの消失は上皮間葉転換において不可欠なイベントと考えられている。Eカドヘリンを抑制することができる多くの転写因子をEMT-TF(上皮間葉転換誘導転写因子)と捉えることができる。SNAI1/Snail1、SNAI2/Snail2(Slug)、ZEB1、ZEB2、E47、KLF8(Kruppel-like factor 8) などはEカドヘリンのプロモーターへ結合し、その転写を抑制することができる。一方、TwistやGoosecoid、E2.2(TCF4)、ホメオボックス転写因子であるSIX1やFOXC2(fork-head box protein C)などの蛋白はEカドヘリンを間接的に抑制する。(上皮間葉転換 フレッシュアイペディアより)
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フィブロネクチンIII型ドメインから見たタンパク質
フィブロネクチンIII型ドメイン(フィブロネクチン さんがた ドメイン 、FNIII、FN3)は、最初、フィブロネクチン(タンパク質)内部のポリペプチドの繰返し構造として発見された。その後、他の細胞外マトリックスタンパク質に類似ドメインがあること、たくさんの動物タンパク質に類似ドメインがあること、生物種を越えた酵母、植物、細菌に類似ドメインがあることから、進化の過程で保存されたタンパク質ドメインの1つだと考えられている。(フィブロネクチンIII型ドメイン フレッシュアイペディアより)
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フィブロネクチンI型ドメインから見たタンパク質
フィブロネクチンI型ドメイン(フィブロネクチン いちがた ドメイン 、FNI、FN1)は、最初、フィブロネクチン(タンパク質)内部のポリペプチドの繰返し構造として発見された。その後、他のタンパク質に類似ドメインが見つかった。しかし、フィブロネクチンIII型ドメインと異なり、脊索動物にしか存在しない。さらに、縦列したフィブロネクチンI型ドメインはフィブロネクチンにしか存在しない。(フィブロネクチンI型ドメイン フレッシュアイペディアより)
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